凝膠電泳是分子生物學中用于DNA分析的主要方法之一。此方法涉及DNA片段通過凝膠的遷移，在凝膠中它們根據大小或形狀分開。但是，即使是科學上合理的方法，例如凝膠電泳，也無法避免產生誤差，對于誤差的常見因素如下：

　　1.樣品污染

　　電泳法的主要應用是在分子生物學中分析DNA的工具，但在法醫學中也用作鑒定違法現場樣本的手段。為了獲得準確的結果，小化此技術中的錯誤來源很重要。錯誤的來源之一是DNA樣品的污染。如果樣品中有外源DNA，則凝膠中的條帶比僅包含純化樣品的凝膠中的帶多。

　　2.凝膠、電流和緩沖液問題

　　電源穩壓器用于保持凝膠電泳中的電壓穩定。凝膠的濃度也必須正確以避免錯誤。如果濃度太高或太低，碎片將遷移得太慢或太快。這將導致解析不同頻段時出現錯誤。在電泳過程中，必須注意確保電壓穩定。電壓的任何波動都將導致DNA片段不穩定遷移，從而導致條帶讀取錯誤。緩沖溶液還必須具有正確的組成，因為具有錯誤pH或離子濃度的緩沖液會改變DNA片段的形狀，并改變其遷移時間。

　　3.正確的可視化

　　可視化凝膠中的每個條帶代表一組大小相同的DNA片段。重要的是凝膠必須正確可視化。如果用于可視化樣品的染料或放射性探針的濃度太高，則生成的圖像將非常混亂，因為殘留碎片也將可視化。如果凝膠濃度太低，將無法可視化。在所有階段都遵循正確的過程后，凝膠電泳儀將得出準確且可以放心使用的結果。